監督が金子修介に決定したことで、当然のように音楽の依頼が盟友・大谷幸へ。歴史ある「ゴジラ」「ガメラ」両シリーズを担当した唯一の作曲家誕生の瞬間だ。
シンセサイザーやエレキギターを多用した音楽は、『ゴジラVSキングギドラ』で伊福部昭が復帰して以降の作品で定着しつつあった「ゴジラ」＝「シンフォニー」という図式の中では新鮮。もっとも映画公開前にこのサントラ盤を聴いた限りでは違和感のほうが先に立ち不安だらけだったのだが、完成した画面と合わせて見る限りでは杞憂に終わった。どちらかというと独立した音楽としてより、ＢＧＭとしての音楽を生み出すタイプの作曲家なのかもしれない。
もっともシンセの多用は音楽全体を軽くみせてしまう。ことにゴジラたちの重量感を出す上ではかえってマイナス要因かもしれない。またこれによって「ガメラ」シリーズの音楽との差別化が計れたかどうかも疑問符がつく。作曲家が同じである以上類似点があるのは致し方ないとしても、当人たちのコメントほど「別物」という感じは受けなかったのが正直なところだ。
ただ、劇中において伊福部メロディーを一切排した構成は評価して良いだろう。
復活した『ゴジラ』（'84）では小六禮次郎が担当していたが、続く『ゴジラVSビオランテ』ではすぎやまこういちを起用しながらもゴジラ絡みでは伊福部メロディーを流用。次の『VSキングギドラ』では伊福部昭本人を復帰させて『VSモスラ』『VSメカゴジラ』では連投。『VSスペースゴジラ』では服部隆之にバトンタッチしたものの伊福部メロディーの流用はあり、『VSデストロイア』では再び本人が担当。『ゴジラ２０００／ミレニアム』では服部隆之が再登板し、前作『ゴジラ×メガギラス／Ｇ消滅作戦』では大島ミチル、と伊福部昭以外の作曲家の登用があっても、劇中に伊福部メロディーが鳴らない作品はないという具合。いつまでも「ゴジラ」＝「伊福部昭」でもないと思うのだが、如何なものだろう。今回はエンドロールのみの使用なのは、ある意味で英断だろうが。

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１．出動命令　２．メインタイトル　３．巨大な牙　４．脅威の爪痕
５．湖畔の出来事　６．謎の老人　７．巨大な足　８．眠れる三首竜
９．黒い残像　１０．地の神・バラゴン　１１．破壊神出現
１２．恐怖の上陸　１３．忘れられていた恐怖　１４．ニ大怪獣の対決
１５．迎え撃つ聖獣　１６．海の神・モスラ　１７．放たれた英霊たち
１８．攻撃準備　１９．緊張の一瞬　２０．空の神・キングギドラ
２１．ＧＭＫ　２２．怒り狂うゴジラ　２３．未来を守る決意
２４．神秘の力　２５．三聖獣の奇跡　２６．絶望的な危機
２７．ゴジラの脱出　２８．英霊たちに捧ぐ　２９．エンドロール
３０．ＧＯＤＺＩＬＬＡテーマ　３１．怪獣大戦争マーチ
３２．ＳＥ音源：ゴジラ　３３．ＳＥ音源：バラゴン　３４．ＳＥ音源：モスラ幼虫
３５．ＳＥ音源：モスラ　３６．ＳＥ音源：キングギドラ

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