総監督：庵野秀明、監督：摩砂雪の『エヴァンゲリオン』コンビが、主に盟友・樋口真嗣特技監督をはじめとする（特撮の）スタッフに密着した異様な迫力のドキュメンタリー。『ガメラ３』のメイキングではあるのだが、『ラブ＆ポップ』に続く庵野監督の新作扱いになっており、メイキングの枠を越えた人間群像のドラマとなっている。ランニングタイムも２時間半近くあって（ジャケットには１００分と記載されているのだが・・・？）映画本編よりも遥かに長い。
だがその肉薄振りは過剰かつ過激に思える面もあり、現場の混乱を必要以上に掬い取ってしまった嫌いはある。およそ和気藹々とした現場という雰囲気には程遠く、特に本編の金子修介監督と特撮スタッフとの軋轢は、映画そのものの完成度を不安視させるほど。
だが、仕事とは上手く行くこともあればそうでないこともあり、実際には些細な意見の食違いといったものでも、演出（構成）次第では殊更に強調されてしまうこともある、ということのようだ。事実、金子監督自身がこのビデオの内容に関してプロデューサーに抗議したという逸話もある。
なお、この作品には一般発売されたものと限定発売されたものと２ヴァージョンが存在し、こちらはローソンのみで販売された限定版である（どの程度の差異があるかは不明）。また『ガメラ１９９９』という題名は、パート３の仮題の流用であろう。

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