シリーズのファンにお気に入りの音楽について訊ねると、必ずといっていいほど上位に食い込んでくるのがこの番組のＢＧＭ。
なかでも「ＭＡＴチームのテーマ」と「ウルトラマンのテーマ」は特に人気が高い。
「ワンダバダワンダバダ・・・」という勇壮な男性コーラスに乗せて流れるＭ３はＭＡＴの出撃や戦闘シーンに欠く事の出来ない曲。同じメロディーをスローアレンジしたＭ１やＭ２は意気消沈といったムードを描写し、Ｍ７１は一敗地に塗れたＭＡＴが悲壮な決意をもって最後の決戦に挑むといったシチュエーションに見事にはまって、作品の緊迫感を高める役割をはたした。
一方のＭ１２やＭ１３は、この曲が流れればウルトラマンの勝利間違いなし！という雰囲気の定番。実際はウルトラマンの登場と共にこの曲が流れ、途中から他の危機感を煽るＢＧＭにかわって苦戦するウルトラマンを描き、再度逆転、勝利といった使われ方もあるのだが、スローアレンジした平和ムードのＭ２１、Ｍ２９、Ｍ６２（エンディングなどで使用）と共に、これぞウルトラマン！というメロディー。主題歌と劇伴の担当者が分業制になっているため、劇中では完全にテーマ曲扱いになっている。
これ以外にもこの作品は珠玉の名曲ぞろい。こと音楽面に関しては、この番組を最高傑作に推す声が多いのも頷ける話だ。
思えば自分にとってＴＶ番組の「音楽」というものを意識した最初の番組が、この作品だったのである。

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